Se você fizer uma busca sobre isso no google, a resposta para essa pergunta será essa: Retificação de Área direto no cartório.
Porém, esse tipo de procedimento é para simples erros e equívocos de informações lançadas na matrícula. Por exemplo, erros ou mudanças de nome de logradouros, erros na indicação de confrontantes, erro na indicação de rumos, ângulos, referentes a coordenadas georreferenciadas, mas que não haja alteração das medidas perimetrais; mero erro de cálculo matemático feito a partir das medidas perimetrais constantes do registro, de dados pessoais das partes, etc.
Ou seja, não se trata de alteração de área, mas simples erros, verificáveis facilmente quando da análise do registrador.
A Retificação de área também será necessária em casos, por exemplo, de construções muito antigas, onde o imóvel consta ainda em transcrição e não foi aberta matrícula. Nesse caso, muitas vezes, é necessário fazer a retificação para que seja possível lançar informações importantes para caracterizar devidamente o imóvel e, assim, ser possível a abertura da matrícula.
Agora, quando a gente se depara com diferenças reais de área, o caminho não será a retificação. O procedimento vai depender dos fatos concretos que deram origem a essa divergência.
Se essa diferença de área não for caso de mero erro de cálculo, aí teremos que verificar qual é o problema; se isso se dá a menor ou maior. Em caso de área maior do que a que consta no registro imobiliário, poderá ser possível analisar a usucapião.
Agora, se a divergência for para menos, ou seja, uma área menor do que a constante na matrícula, aí será necessário avaliar diversas questões, como por exemplo, a forma de aquisição do bem. Um exemplo bem comum é a aquisição de imóveis na planta, onde a área adquirida é menor do que o prometido.
Nesse caso, o problema pode ser resolvido por meio de acordo ou ação judicial, sendo esta opção em caso de negativa de compensação da diferença entre o valor cobrado e pago pelo imóvel com aquele de fato adquirido.